擴增子測序,即對特定長度的PCR產物或者捕獲的片段進行測序,主要包括16S rDNA測序、18S rDNA測序及ITS測序等。擴增子測序通常是選擇某個或某幾個變異區(qū)域,利用保守區(qū)設計通用引物進行PCR擴增,然后對高變區(qū)進行測序分析和菌種鑒定,具有所需樣本量少、高通量和高精確性等特點。
1.從測序所得的原始數據出發(fā),首先對原始數據進行質控,得到有效數據(Clean Data);
2.基于有效數據進行OTUs(Operational Taxonomic Units)聚類;
3.根據OTUs聚類結果,一方面對每個OTU的代表序列做物種注釋,得到對應的物種信息,另一方面將各個樣品的有效數據,和代表序列進行比對,獲得對應OTU在各個樣品中的豐度分布情況;
4.基于構建好的OTU豐度表,獲得不同分類層級的物種豐度表;
5.基于OTU豐度表及不同分類層級的豐度表,進行樣品微生物群落組成分析;
6.基于OTU豐度表及不同分類層級的豐度表,進行Alpha多樣性和Beta多樣性分析;
7.根據研究需求,可選擇高級分析,深入挖掘樣品中的物種組成和差異。
分析類別 | 分析內容 | |
樣品微生物群落組成分析 | 樣品菌落組成柱狀圖 | |
Heatmap圖 | ||
樣品間OTU分布Venn圖 | ||
Alpha diversity分析 | 多樣性指數統(tǒng)計 | |
稀釋曲線(Rarefaction Curve) | 多樣性組間差異 | |
Chao1曲線 | ||
Shannon-Wiener 曲線 | LEfSe分析 | |
Rank-Abundance 曲線 | ||
Beta diversity分析 | 樣品間相似性指數 | |
PCoA分析 | ||
樣品聚類分析 | ||
高級分析菜單 | RDA/CCA 分析 | NMDS分析 |
關聯(lián)分析 | Network分析 | |
PICRUSt?分析 | 隨機森林分析 |
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