根據(jù)樣本測序序列與參考基因組的mapping情況,統(tǒng)計(jì)樣本在參考基因組各位置上變異分布,繪制樣本變異分布圖,反映了在參考基因組不同位置該樣本的變異情況。
根據(jù)每個樣品的SNP、InDel分布以及變異注釋情況,以參考序列為標(biāo)尺,使用Circos軟件把SNP、InDel的分布和注釋情況展示到環(huán)形圖上。從圖上可直觀比較樣本間的變異結(jié)果差異。
系統(tǒng)發(fā)生樹是表明被認(rèn)為具有共同祖先的各物種相互間演化關(guān)系的樹。 它用來表示系統(tǒng)發(fā)生研究的結(jié)果,用它描述物種之間的進(jìn)化關(guān)系。樹形圖末端是各個物種,交點(diǎn)是物種之間的共同祖先,枝長則展示了物種間的相對遺傳距離大小。通過系統(tǒng)發(fā)生樹結(jié)果,可以直觀看到各個樣本間的系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系以及相對遺傳距離。
微信公眾號