結(jié)果展示
結(jié)果展示
根據(jù)各個樣品中unique基因的數(shù)目分布情況，繪制組間基因數(shù)目差異箱圖并進行統(tǒng)計學(xué)檢驗，通過箱圖來反映不同分組中基因數(shù)目的分布差異。
根據(jù)各個樣品在不同分類層級上的相對豐度分析結(jié)果，可以得知樣品在各分類水平上的物種組成比例情況，并通過三層扇形圖來反映樣品在不同分類學(xué)水平上的群落結(jié)構(gòu)及差異。
腸型被定義為“聚焦在高維空間里的微生物組特征，是有限的宿主-微生物共生穩(wěn)態(tài)時的微生物群落結(jié)構(gòu)”。根據(jù)各個樣本中微生物豐度分布，對樣本進行腸型劃分，可以根據(jù)腸型劃分情況明確飲食、年齡、疾病狀態(tài)等因素對腸道菌群多樣性的貢獻，從而更加準(zhǔn)確的挖掘與疾病相關(guān)的腸道微生物。
腸道微生物不僅在菌種層面上多種多樣，而且同種細菌不同菌株的基因或基因拷貝數(shù)存在很大差異，這造成細菌功能的巨大差異，如耐藥、毒力等等，這些因素決定菌株對宿主健康的影響。通過挖掘各個樣本中功能基因簇以及基因簇的拷貝數(shù)的變化，比較不同樣本間關(guān)鍵功能的基因及基因拷貝數(shù)的差異。
不管是人腸道微生物還是其他環(huán)境微生物中，抗性基因是普遍存在的?？股氐臑E用導(dǎo)致人體和環(huán)境中微生物群落發(fā)生不可逆的變化，對人體健康和生態(tài)環(huán)境造成風(fēng)險，因此抗性基因的相關(guān)研究受到了研究者的廣泛關(guān)注。通過對各樣本中耐藥基因的注釋和統(tǒng)計，并以Circos圈圖的形式展示，以此比較不同樣本中不同耐藥基因的分布差異。
根據(jù)各個樣本中基因豐度分布情況，計算各樣本中基于基因的Shannon多樣性指數(shù)，并通過箱圖比較不同分組間基因多樣性的差異。
LEfSe判別分析用于篩選組間具有顯著差異的物種和功能Biomarker，首先通過秩和檢驗的方法檢測不同分組間的差異物種和功能并通過LDA（線性判別分析）實現(xiàn)降維并評估差異物種和功能的影響大小，即得到LDA score。在宏基因組分析中，它可以從多個分組的數(shù)據(jù)出發(fā)，找到組間在豐度上有顯著差異的物種和功能Biomarker。
基于 KEGG 注釋結(jié)果針對某一特定的興趣通路研究不同樣本（不同分組）間的差異，繪制了代謝通路比較分析的交互圖；在代謝通路圖中，節(jié)點代表各種化合物, 方框代表酶類信息（默認(rèn)邊框為黑色，背景為白色），不同顏色的方框代表注釋為該酶類的不同Unigenes數(shù)目，以此比較不同樣本間代謝功能的差異。
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