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產(chǎn)品簡(jiǎn)介

微生物全基因組測(cè)序是指對(duì)待研究的微生物進(jìn)行全基因組測(cè)序,是獲得未知生物的基因組或檢測(cè)與已知生物基因組間的差異,以及比較多個(gè)樣品基因組的重要手段,適用于微生物功能鑒定,差異檢測(cè)及其他比較基因組學(xué)的研究。

全基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)分析策略

1. 從測(cè)序所得到的原始數(shù)據(jù)出發(fā),首先對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控,得到有效數(shù)據(jù)(Clean data);

2. 基于有效數(shù)據(jù)與參考基因組進(jìn)行Reads Mapping比對(duì);

3. 基于比對(duì)結(jié)果進(jìn)行SNP、INDEL和SV的統(tǒng)計(jì)和注釋;

4. 基于變異的統(tǒng)計(jì)結(jié)果繪制變異分布圖和全基因組變異圖譜;

5. 根據(jù)分析需求,可選擇高級(jí)分析,深入挖掘物種的系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系。

全基因組denovo測(cè)序數(shù)據(jù)分析策略

1. 從測(cè)序所得到的原始數(shù)據(jù)出發(fā),首先對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控,得到有效數(shù)據(jù)(Clean data);

2. 基因組大小及雜合度評(píng)估,判斷是否符合組裝條件;

3. 基于有效數(shù)據(jù),進(jìn)行微生物基因組組裝;

4. 基于組裝結(jié)果,進(jìn)行基因組組分分析:編碼基因預(yù)測(cè),前噬菌體及CRISPR預(yù)測(cè);

5. 基于預(yù)測(cè)得到的基因序列,進(jìn)行基因功能分析:包括通用基因功能注釋(NR, GO, COG, KEGG, Pfam, SwissProt)和 病原細(xì)菌致病性和耐藥性分析;

6. 根據(jù)分析需求,可選擇高級(jí)分析,深入挖掘物種的系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系。

數(shù)據(jù)分析內(nèi)容

測(cè)序類別 分析類別 分析內(nèi)容

測(cè)

與參考基因組比對(duì)情況分析 測(cè)序深度及覆蓋度統(tǒng)計(jì)表
測(cè)序深度分布圖
參考基因組各位置區(qū)間的深度分布圖
SNPs檢測(cè)及注釋 SNPs位點(diǎn)類型及基因型
SNPs在參考基因組上的分布
SNPs注釋信息統(tǒng)計(jì)表
INDEL檢測(cè)及注釋 INDEL位點(diǎn)類型及基因型
INDEL在參考基因組上的分布
INDEL注釋信息統(tǒng)計(jì)表
SV檢測(cè)及注釋 SV變異類型
SV變異引起的染色體結(jié)構(gòu)變化
高級(jí)分析 系統(tǒng)進(jìn)化分析
全基因組變異圖譜

denovo

測(cè)

基因組組裝 基因組雜合度評(píng)估
基因組頻次深度分布圖
組裝結(jié)果統(tǒng)計(jì)
基因組組分分析 編碼基因統(tǒng)計(jì)
編碼基因長(zhǎng)度分布圖
前噬菌體預(yù)測(cè)
CRISPR位點(diǎn)預(yù)測(cè)
基因功能注釋 NR, SwissProt蛋白注釋
KEGG,EggNOG,Pfam蛋白功能分類注釋
ARDB, PHI, VFDB致病和耐藥性注釋
比較基因組分析 共線性分析
變異檢測(cè)
高級(jí)分析 Core-Pan基因分析
系統(tǒng)進(jìn)化分析

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