一體機(jī)優(yōu)勢

應(yīng)用場景

1、基于測序數(shù)據(jù)的病原體自動(dòng)鑒定

適用于基于高通量測序數(shù)據(jù)的病原體組裝和鑒定，包含二代測序的短讀長測序方法（Illumina和BGI/MGI等）和基于單分子測序的長讀長測序方法（PacBio和Nanopore等）?；贑LC Genomics Workbench 20.0，提供了主流測序儀器產(chǎn)生的數(shù)據(jù)分析和拼接全套模塊。包括：De novo assembly (short reads); De novo assembly (long-read); Long read correction; Hybrid assembly 等方法，并可通過與參考基因組（含2019-nCoV最新序列，實(shí)時(shí)追蹤更新）比對，實(shí)現(xiàn)病原體的自動(dòng)鑒定。

2、疫情調(diào)查、病原體溯源及進(jìn)化分析

在基于組裝拼接模塊，獲得新型冠狀病毒SARS-CoV-2(2019-nCoV)的全基因組序列后，可將其與已測病原菌序列進(jìn)行多序列比對，構(gòu)建分子進(jìn)化樹。同時(shí)可以挖掘低頻突變，結(jié)合患者的臨床表型和治療方法進(jìn)行實(shí)時(shí)追蹤，從而幫助臨床及科研工作者進(jìn)行疫情調(diào)查、病原體溯源及進(jìn)化分析。CLC Genomics Workbench 20.0可提供病原菌序列下載和數(shù)據(jù)庫構(gòu)建、序列比對、變異檢測、SNP進(jìn)化樹構(gòu)建，最大似然樹構(gòu)建等模塊。

3、耐藥性分析

一般藥物的研發(fā)和臨床驗(yàn)證需要較長的周期。對于靶向藥物，同樣需要關(guān)注基因組的快速突變帶來的耐藥性問題。CLC Genomics Workbench 20.0可提供耐藥性分析和相關(guān)的數(shù)據(jù)庫和工具，包括：

ARESdb database: 來自全球200個(gè)中心，11,000個(gè)耐藥性菌株

ResFinder database: 包含3,096個(gè)耐藥性相關(guān)的基因

PointFinder database: 包含4,552個(gè)耐藥性相關(guān)的變異位點(diǎn)

ARG-ANNOT: 包含1,723條耐藥性相關(guān)的的蛋白標(biāo)簽序列

4、QPCR定制化軟件自動(dòng)判讀

適用于多重溶解曲線分析后的檢測結(jié)果自動(dòng)化判讀和檢測報(bào)告生成，可在5分鐘內(nèi)出具檢測報(bào)告。

5、病原預(yù)測預(yù)警

協(xié)云基因科研團(tuán)隊(duì)以病毒公共序列為基礎(chǔ)，構(gòu)建了病原危害性預(yù)測預(yù)警模型，文章發(fā)表于Cell Host & Microbe，Nature Communications等期刊。此外，團(tuán)隊(duì)針對流感發(fā)病特點(diǎn)，研發(fā)的流感預(yù)測預(yù)警大數(shù)據(jù)平臺(tái)自2014年在中國疾病預(yù)防控制中心病毒病預(yù)防控制所上線應(yīng)用以來，線上預(yù)測的準(zhǔn)確率始終保持在90%。系統(tǒng)實(shí)現(xiàn)了龐大監(jiān)測網(wǎng)絡(luò)管理和信息共享、關(guān)聯(lián)高度復(fù)雜的業(yè)務(wù)流程、疫情分析模擬早發(fā)現(xiàn)、疫苗株智能化篩選等功能，全面驅(qū)動(dòng)了國家流行病及傳染病防控的發(fā)展。

6、生物樣本管理

為應(yīng)對疫情工作中大量檢測樣本的管理需求，特整合了生物樣本庫系統(tǒng)，涵蓋樣本的全生命周期管理，可以實(shí)現(xiàn)樣本試驗(yàn)成果、臨床大數(shù)據(jù)、組學(xué)大數(shù)據(jù)相結(jié)合的數(shù)據(jù)整合、分析、深度挖掘的綜合信息化平臺(tái)。系統(tǒng)融合了生物樣本實(shí)體管理、信息數(shù)據(jù)庫管理，可幫助用戶建立智能化、規(guī)范化、信息化的生物樣本信息資源管理中心，適用于樣本管理、藥物研發(fā)、分子檢測、數(shù)據(jù)整合共享等應(yīng)用場景。